黄少祺和妻子吕旻蓁结婚9年，有一对可爱的宝贝儿子，分别是5岁和2岁，这回首度和2个儿子一起露面受访，大儿子Jeremy 懂事、小儿子Ethan难控制，制造不少有趣场面，但也让他有点头疼，对孩子却说不出重话。他坦言因拍戏有时会长时间不在家，希望自己尽量能当儿子的大玩偶，陪伴游戏运动，甚至还一起倒立，他坦言有私心，央求妻子说：「拜托不要让我扮黑脸，希望他们看到我都开开心心的。」

黄少祺大儿子出生时，有半年时间他在中国拍戏，因此错失一大段亲子时光，有次两地隔海视讯，镜头一连上，儿子就崩溃大哭「阿嬤，你叫爸爸回来」，黄少祺不舍地说：「他真的是哭到断肠，我看了很心酸，当下心里很难受。」也因此迎接小儿子到来时，他就更珍惜父子的相聚时光，一整年只去中国拍了一部电影，也帮忙分担妻子带孩子的辛苦。

由于黄少祺喜欢运动，2个儿子最喜欢和他玩刺激的游戏，无论是拋接还是倒立，都让孩子有求必应，但常常半小时下来，体能过人的他也会觉得疲惫，这时就会忍不住说：「妈妈真伟大！」

46岁的黄少祺，外型看起来十分冻龄，完全不像2个孩子的爸，这与他长达10多年的健身习惯有关，他透露：「我对运动可以说是上瘾了，一开始是因为拍戏认识几个健身同好，现在3天没动会全身不舒服，最少会跑步30分钟、5公里。」

原则上他每天会花1到2小时运动，每餐只吃6分饱，晚餐尤其不吃淀粉，即使有夜戏要拍，也会吃些水果果腹，尽量不碰消夜，饮食也要少盐少油，尤其年过40后，腹部肌肉最难维持，口腹之欲一定要节制。近期他挑大梁拍三立新8点档《金家好媳妇》，仍坚持每天抽出半小时运动，妻子也会燉鸡汤给他补身，才能多年来维持一线小生的英挺外貌。