万历二十三年，“土吏马邦聘谋夺其印，集众数千，围覃氏”，朝延“命四川抚，按谳其狱，事未决。” 族人凑足赎金，马千乘得以出狱掌印。

万历二十五年，马千乘与秦良玉先是奉诏抗击倭寇，随后不久土司杨应龙叛乱，两人又随军征讨。在此次征讨中，夫妻两人战功最显，为南川路战功第一。

万历四十一年，马千乘得罪了明朝派来监军的太监邱乘云，被邱乘云诬陷投入狱中。因为早在入狱之前，他就染上了病，入狱后因为得不到好的治疗，最终生病去世。马千乘去世后，秦良玉接管了丈夫的土司之职。

秦良玉和马千乘有子一人，名马祥麟，字瑞征。马祥麟，为崇祯敕封骠骑将军，都指挥使，石柱宣慰使。马祥麟勇力绝伦，英武潇洒，文武双全，穿银铠，骑白马，常单骑冲阵，取敌将首级。军中呼为“赵子龙”、“小马超”。后来在参加镇守山海关战役中，虽然成功击退了清军，但是马祥麟却因为在战争中一只眼睛被箭射中，此后多了一个外号“独目马”或“独眼马”。

秦氏家族和马氏家族都是忠贞之人，他们忠勇异常，因而许多族人都在战争中牺牲，秦良玉的儿子马祥麟也是如此。据说在马祥麟预感自己将城破身亡的时候，以血亲书血书一封寄给秦良玉，上书：“儿誓与襄阳共存亡，愿大人勿以儿安危为念！”秦良玉读后，虽然内心痛苦悲伤，仍然回书：“好！好！真吾儿！”不得不说，这一家子都让人感叹异常。

秦良玉是历史上第一位被朝廷正是册封的封侯女将，她是战功卓著的女将军、民族英雄、军事家，也是历史上唯一一位被记载在正史中，且单独作战的女人。秦良玉一生忠于明朝，战功赫赫，在抗击外敌，镇压内乱中都有极为出色的表现。上柱国光禄大夫，中军都督府左都督，驻四川等多处提督、总兵官，镇东将军，少保加封太保兼太子太保，一品夫人，忠贞侯。对于这样一个人物，史书不吝啬其赞美之词，《明史》：“为人饶胆智，善骑射，兼通词翰，仪度娴雅。而驭下严峻，每行军发令，戎伍肃然。”史书记：“良玉为人饶胆智，善骑射，料敌如神，兼通词翰，常为男子装。”

清朝李西讴《吊秦良玉四川营遗址》：“金印夙传三世将；绣旗争认四川营。”

不仅仅是史书，无论是近代大将，还是当代文人，都对这位忠君报国的女将军，表现出了真挚的敬意。

民国军阀，国民革命军陆军元帅，西北军领袖冯玉祥说：“纪念花木兰；要学秦良玉”

郭沫若写秦良玉：“像她这样不怕死不爱钱的一位女将，在历史上毕竟是很少的”

著名女作家谢冰莹说秦良玉：“秦良玉死了，他的哥哥邦屏、弟弟民屏、儿于祥麟、媳妇凤仪，都为国家壮烈地牺牲了， 她虽是一位出身儒门的闺秀；可是志安社稷，爱国忠君。她生在多事之秋的明朝，国内有土匪流， 寇的骚扰；国外有满骑倭奴的侵略，多少文武百官，士大夫将帅，没有不为自己的名利在明争暗斗的，有谁像秦良玉一样一生的精神，都拿来放在安内攘外，剿贼御侮上面呢？她一生为国家奋斗，为民族牺牲；她没有过一天舒服快乐的日子，日夜在为战事筹划。一直到死。还念念不忘保存她的石砫，这穜爱国保家乡的精神，非但使后世的人永远赞美，永远敬佩；更值得人们永远！ 怀念！永远学习的！”