当时建文帝朱允炆年纪尚小,朱元璋为了防止功臣们在自己百年之后,威胁到自己辛辛苦苦建立的大明朝,所以要乘着自己在世时,为孙子朱允炆扫清障碍,开始诛杀功臣。经过胡惟庸案、蓝玉案之后,当时开国时期的功臣几乎被杀关了,朱元璋就连儿女亲家李善长、徐达都没有放过。
明史专家马渭源、南京郑和研究会秘书长郑自海实地查看古墓后,发现墓顶处有象征墓主龙归沧海的莲花火龙珠雕刻,还在古墓旁发现了“闭嘴龙”石雕。南京大学潘群教授强调:“火龙珠说明这是永乐年间后或之前的古墓,用的闭嘴龙纹饰,在明朝前期,除了皇帝,谁也不敢。”
朱允炆听从兵部尚书齐秦等人的建议,决定削夺各地藩王的权利。这引起了燕王朱棣的注意,在朱允炆称帝的第二年,举兵进攻。建文帝得知情形无法扭转后,纵火焚宫,大火整整烧了3日,朱棣进宫后,始终未能找到建文帝,无论是活人还是尸体,建文帝究竟是死是活,至今仍是一个不解之谜。